Il Complesso venne edificato nel 134 da Matteo Sclafani nel luogo precedentemente occupato dal palazzo di Matteo Termini, giustiziere di Sicilia e zio dello Sclafani. Il monastero, istituto sotto la regola di S. Chiara dei Francescani conventuali, fu costruito dire amene sul banco roccioso che scendeva a strapiombo sulla vallata del fiume Kemonia, su cui si affacciavano le antiche mura puniche.